Die Durchgängigkeit der Ammer ist Teil der Europäischen Wasserrahmenrichtlinie. Die Ammer und ihre Zuflüsse vernetzen das Ammergebirge mit den Niederungen und Mooren im Alpenvorland. Der Fluss soll sich zu einem weitgehend renaturierten und vollständig durchgängigen Gewässer entwickeln können.
Unterstützt wurde der vom Wasserwirtschaftsamt Weilheim realisierte Umbau des Grundwehres III vom Weilheimer Kanuverband, von der Ammerallianz sowie dem Anglerverein Pfaffenwinkel. Die nächsten Maßnahmen zur Renaturierung der Ammer sind der Umbau des Peißenberger und des Oderdinger Wehres. Diese Projekte werden zeitgleich mit dem Hochwasserschutz "Weilheim Süd" gestartet.